Es el civil que el coronel Simmons trae del Pentágono para ayudarle en la misión de convencer a los Comando Stargate y en especial a Carter de que sus intentos por ayudar a Teal'c no servirán de nada pues ha muerto.

        McKay ha estudiado el Stargate durante un año en el Pentágono y trata de hacer ver a Carter que su forma de usar la puerta sin un sistema de llamada y con un interfase creado por ella es un error. Está convencido de que la mayor siempre quiere tener razón y que para lograr su objetivo hace cualquier cosa aunque sea una locura para conseguirlo a costa de lo que sea. Tras aportarle la idea a Sam de que el DHD puede ser el que salve a Teal'c, ésta trata de usarlo sin crear un vórtice, abriendo el horizonte resultante para que su amigo cruce la puerta. Mckay la admira pero piensa que está completamente loca y que estallarán en pedazos. Decide irse pero dado que trabaja para las Fuerzas Aéreas, es destinado a Rusia, para desarrollar el programa del reactor de naqahdah que Jackson ha negociado previamente para conseguir a cambio el DHD de los rusos.

        El doctor es enviado de nuevo al silo ante el ataque la amenaza del Stargate de la Tierra cuando éste queda abierto y no se puede cerrar. Tratará de ayudar a Carter pero éste intenta imponer sus ideas tirando por tierra a las de la mayor. Insiste en que las teorías de Carter son una locura y que son simples hipótesis que no servirán para salir de la crisis. Carter tendrá que hacerse valer ante la mirada crítica del doctor para salvar a la Tierra de la destrucción total por Anubis. Aunque ideará un plan para acabar con la amenaza este fallará y tendrá que oponerse a la idea nueva de la mayor Carter de sacar el Stargate de la Tierra por medio de X-302 y de usar la ventana hiperespacial en la atmósfera terrestre para ese propósito.